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Ciao, sono riuscito a riprodurre il problema dopo aver aggiornato sia Java che JD (non so se sia dovuto ad una modifica nelle specifiche del metodo copy di Java usato in TreesFinder per copiare i links nella clipboard di sistema oppure in un qualche bug del link grabber di JD).
Come workaround per il momento ti basta tenere aperto un file di testo o un post-it tipo Sticknotes/Memo e quando fai "scarica episodi selezionati con JD" incolli il contenuto copiato (con CTRL/CMD + V) sul file di testo, poi lo ri-copi (con CTRL + C). A questo punto JD dovrebbe capire che hai aggiunto dei collegamenti al grabber.
Oppure se preferisci posso fornirti gli accessi al database, così puoi scaricare gli episodi senza usare TreesFinder.